Primjena općih načela sanacije jest, uz ostvarenje ciljeva sanacije, drugi najvažniji uvjet o kojem su dužna voditi računa sanacijska tijela pri procjenjivanju mogućnosti provođenja sanacije, odabiru instrumenata sanacije i izvršavanju ovlasti za sanaciju.
Sanacijsko tijelo pri primjeni sanacijskih instrumenata i izvršavanju ovlasti za sanaciju osigurava da se sanacija provodi u skladu sa sljedećim načelima:
- dioničari institucije u sanaciji prvi snose gubitke,
- vjerovnici institucije u sanaciji snose gubitke nakon dioničara u skladu s redoslijedom prvenstva njihovih tražbina u skladu sa zakonom kojim se uređuje stečajni postupak,
- zamjenjuju se upravljačko tijelo i više rukovodstvo institucije u sanaciji, osim u slučajevima kada je zadržavanje upravljačkog tijela ili višeg rukovodstva radi pružanja sveobuhvatne potrebne pomoći nužno za postizanje ciljeva sanacije,
- upravljačko tijelo i više rukovodstvo institucije u sanaciji dužni su pružiti svu pomoć radi postizanja ciljeva sanacije,
- fizičke i pravne osobe koje su odgovorne za propast institucije snose odgovornost u skladu s odredbama važećih propisa iz područja građanskog ili kaznenog prava,
- prema vjerovnicima koji u slučaju otvaranja stečajnog postupka ulaze u isti isplatni red postupa se na jednak način osim ako Zakonom o sanaciji kreditnih institucija i investicijskih društava nije drukčije propisano,
- vjerovnici u skladu sa zaštitnim mjerama iz Zakona o sanaciji kreditnih institucija i investicijskih društava ne trpe veće gubitke od onih koje bi pretrpjeli kad bi nad institucijom bio otvoren stečajni postupak,
- osigurani depoziti u potpunosti su zaštićeni kao i tražbine zaštićene sustavom zaštite ulagatelja u skladu sa zakonom kojim se uređuje tržište kapitala i
- sanacijske mjere poduzimaju se u skladu s odredbama o zaštitnim mjerama iz Zakona o sanaciji kreditnih institucija i investicijskih društava.
Ako je institucija dio grupe, sanacijsko tijelo, ne dovodeći u pitanje ostvarivanje ciljeva sanacije, primjenjuje sanacijske instrumente i izvršava ovlasti za sanaciju na način koji svodi na najmanju moguću mjeru učinak na ostale članice grupe i na grupu u cjelini i smanjuje negativan učinak na financijsku stabilnost u Europskoj uniji te njezinim državama članicama, posebice u državama u kojima grupa djeluje.